*.pl ассоциируется с perl, или вы упаковываете свои сценарии perl в пакетный .bat сценарий?Я отвечу, предположив последнее.
Если вы хотите запустить скрипт в новом окне, вы можете system('start script.bat');.
Проблема в том, что окно остается открытым после скриптазавершается (если вы посмотрите на `help start, вы увидите, что start вызывает cmd.exe с флагом / k).
Чтобы закрыть окно, вы должны явно выполнить скрипт perl в cmd.exe с флагом / c.
system('start cmd.exe /c script.bat');
Теперь, если вашему вторичному сценарию необходимо связаться с системным, я бы посмотрел на локальные сокеты.