Запрещает CLR загружать указанный модуль во время выполнения. Это сократит время запуска (так как загрузка каждого модуля занимает время). В зависимости от размера модуля это может заметно сократить время запуска.
Один из способов проверить это - создать тестовый проект WinForms, добавить ссылку на сборку, которая не используется (например, System.Web), а затем запустить и присоединить к исполняемому файлу (например, F5). Просмотрите загруженные модули (Debug -> Windows -> Modules), и вы увидите, что указанная сборка была загружена.
Если подумать, для CLR было бы довольно сложно определить, действительно ли используется зависимость (она есть в манифесте как зависимость после добавления ссылки на нее) ... Тем более, что выполнение некоторые пути кода не могут быть известны заранее ...