Насколько я понимаю, как работает расширение WiX IIS, оно создает резервную копию метабазы перед применением каких-либо изменений.Затем в отложенной последовательности он выполняет все действия, которые вы ему указали.Если возникает ошибка, действие отката просто восстанавливает предыдущее состояние из резервной копии.В противном случае, если все в порядке, действия коммита просто сбрасывают моментальный снимок резервной копии.
Итак, учитывая это, я не думаю, что вы догадались, что это правильно.Должно быть возможно делать то, что вы хотите.Я подозреваю, что проблема в последовательности действий.Убедитесь, что сначала выполняются действия IIS, затем идет обработка SQL, а разрешения - последними.Таким образом, сначала вы создаете AppPool, затем выполняете SQL-операции и, наконец, применяете необходимые разрешения.Ну, я могу ошибаться, но вы должны найти правильную последовательность с помощью метода проб и ошибок.
И практическое правило: всегда генерируйте подробный журнал.Он содержит все.Серьезно, это лучшее, что мне нравится в установщике Windows: что бы ни случилось, вы найдете это в подробном журнале.Удачи!