Думаю, проблема в клонированном элементе, попробуйте запустить shadowBox перед jCarouselLite, если это не поможет, измените плагин jCarousel, где элементы сгруппированы (я думаю, должно быть что-то вроде $('[rel=' + variable + ']')
на $(':not(.cloned) [rel=' + variable + ']')
) думал.