Встроенные скриптовые языки хорошо работают и для хранения информации о конфигурации. В последний раз я проверял, что все семейство Mozilla используют JavaScript для своей информации о конфигурации.
Далее, они отлично подходят для разработки плагинов. Вы можете создать собственный API-интерфейс, который будет доступен для разработчиков плагинов, и разработчики плагинов получат большую свободу от использования всего языка.
Еще один случай, когда плоские файлы недостаточно выразительны. Если вы хотите писать приложения, управляемые данными, для которых поведение параметризовано, вы действительно устали от длинных строк условного тестирования комбинаций конфигураций. Когда это происходит, вам лучше записать правила и их оценку в вашу конфигурацию.
Эта тема получила некоторое освещение в книге Pragramtic Programmer.