Даже если вы создаете приложение MVC или приложение для настольного компьютера, вам всегда понадобится уровень доступа к данным или бизнес-уровень (какое имя вы выбираете для своих объектов обработки данных).
Я бы предложил вам создать отдельный проект, который обрабатывает задачу для манипуляций с данными.
А затем выставить его через службу WCF и использовать его с любым приложением, будь то веб или настольный компьютер, через разные конечные точки.