У меня нет полного решения, но я думаю, что могу дать вам некоторые отправные точки.
Основная идея заключается в создании пользовательских аннотаций для ваших пользовательских маркеров. Вы можете определить свои собственные типы маркеров и зарегистрировать постоянные правила форматирования для него (последний - бесстыдная ссылка на одно из моих сообщений в блоге). В этом случае, если ваш код создает правильные типы маркеров, вы можете добавить другое форматирование относительно вывода.
С другой стороны, если у вас есть только один тип проблемы, я не знаю правильного ответа, но расширение Annotation Model Creation, похоже, является ответом. Подробности смотрите в справке Eclipse .