Я не думаю, что есть прямой ответ на этот вопрос, но я думаю, что это зависит от ваших пользователей. Некоторые люди все еще чувствуют себя неловко, заходя в свои учетные записи на Facebook, опасаясь, что вы будете делать с их ценными данными на Facebook. Если вы не беспокоитесь об этом, просто используйте Facebook Connect, если вы используете, как родной, так и Facebook Connect.
Если вы решите использовать оба, вы можете сгенерировать случайный пароль для учетных записей, подключенных к Facebook, который они никогда не будут использовать, начиная с входа на Facebook.
Надеюсь, это поможет.