На самом деле это не меняет что-то, что вы запускаете многомодульный проект. Выполняемые фазы в основном зависят от типа упаковки, поскольку он определяет жизненный цикл вашей сборки.
Теперь, помните, что когда вы выбираете фазу, Maven выполнит все необходимые фазы, прежде чем тот, который вы выбрали, плюс тот, который вы выбрали, конечно. Так, например, если вы выполняете сборку jar с помощью test test, у вас будут следующие фазы: process-resources, compile, process-test-resources, test-compile и test (по крайней мере по умолчанию).
Вы также можете запустить тест из своей IDE, и выбор зависит от ваших предпочтений и того, что вам проще всего использовать. Я предпочитаю путь IDE, но любой выбор хорош.