Вы говорите, что используете Java XML Transformer, но неясно, имеете ли вы в виду преобразователь идентификаторов (TransformerFactory.newTransformer ()) или интерфейс Java для преобразования XSLT.
Мне кажется, что вы используете операцию, которая копирует документ, когда вам нужна операция, которая преобразует его, например, путем изменения имен элементов.