Вам может понадобиться добавить что-то вроде "
while (gtk_events_pending ()) {
gtk_main_iteration_do (FALSE);
}
То есть, чтобы GTK мог обрабатывать ожидающие события (например, рисование пользовательского интерфейса).
Я полагаю, вы обрабатываете вывод ffmpeg с помощью g_io_add_watch
или аналогичный.