Копирование файла index.php не совсем то, что я хотел бы сделать. Это кажется грязным и есть несколько других вариантов. Если вы хотите, чтобы URL были чистыми и дружественными для поисковых систем, вам действительно стоит взглянуть на перезапись URL с использованием .htaccess
Вы говорите, что не уверены, что у вас будет сервер с «доступом к файлу htaccess», но если вы можете загружать файлы, вы всегда можете также загрузить файл .htaccess - проблема в том, что веб-сервер не всегда использует их или может не иметь включенного mod_rewrite. В этом случае вы можете получить ваши URL в формате http://www.example.com/index.php?u=/Profile/foo
(это также мой предпочтительный способ обработки переписывания URL).
В вашем index.php просто убедитесь, что прочитали запрошенный параметр url, переданный mod_rewrite, и включите все файлы в нужную вам папку. На самом деле, вам даже не нужна «физическая» структура папок, вы можете реализовать ее с использованием классов или чего-то в этом роде. (Я уверен, что я буду).
Я бы действительно рекомендовал вам взглянуть на хороший PHP-фреймворк, например, CodeIgniter . Даже если вы решите кодировать все с нуля, вы все равно узнаете много о передовых методах обработки URL, базах данных, шаблоне MVC, механизмах шаблонов, уровнях абстракции базы данных и кодировании PHP в целом.