Это не связано с Phonegap, похоже, что оно связано с ST2 и, более конкретно, связано с командой ST2 как часть пакета SDK. Вы, вероятно, не хотите отправлять эти файлы. Используйте команду ST2 для создания производственного пакета и импортируйте только рабочие файлы в проект Phonegap Xcode. Прочитайте командную страницу для получения дополнительной информации о создании приложения для производства.