Одной из веских причин использования поддоменов может быть размещение приложений на разных компьютерах. Затем вы можете позволить DNS выполнять для вас соответствующую маршрутизацию, тогда как в версии acmecompany.com/$APPNAME вам потребуется настроить внешний прокси-сервер. Если все ваши приложения размещены на одном компьютере (и в обозримом будущем), это не проблема.
С точки зрения пользовательского опыта, я бы также сказал, что если приложения выглядят значительно иначе или требуют другого входа, они должны быть в поддоменах. Если я нажму на ссылку и окажусь на странице, которая выглядит как другое приложение или требует нового входа в систему, то я ожидаю, что она будет находиться на другом FQDN. Но этот момент очень субъективен.
Кроме этого, я думаю, что вам проще всего настроить.