Нет необходимости в голом репо.
вы можете указать другую папку git:
git --git-dir=/other/drive/some/path add
В качестве альтернативы вы можете указать другую рабочую папку:
git --work-tree=/other/drive/some/path add
или объедините их вместе для выполнения из произвольного местоположения.
Помните, что не все команды работают с этим параметром. Шкатулка одна.