он принимает путь как абсолютный путь и поэтому говорит, что доступ к этому файлу запрещен.
Вместо этого используйте перегрузку parse (InputStream is), которая принимает InputStream в качестве аргумента.
попробуйте этот кусок кода, он должен работать нормально.
ServletContext context = getServletContext();
InputStream is = context.getRealPath("/WEB-INF/Queries.xml");
DocumentBuilder db = dbf.newDocumentBuilder();
dom = db.parse(is);// throws SAXException and IOException