Использование той же учетной записи будет отлично работать.
Mercurial будет проверять, что на самом деле в локальной копии при извлечении изменений и обновлений, тот факт, что у вас есть другой клон на другом компьютере, использующий те же учетные данные, никак не повлияет на него.
Ваши учетные данные действительно используются только для вашей аутентификации (чтобы у вас было разрешение на чтение при извлечении и запись при нажатии) и для маркировки каждого коммита пользователем, который его сделал.
Вы можете даже клонировать несколько локальных копий из одного и того же хранилища, используя одни и те же учетные данные. Каждая копия отслеживает свое собственное состояние - каждая ревизия имеет уникальный идентификатор, который используется для синхронизации изменений.
Если вы еще этого не сделали, я рекомендую прочитать это руководство по Mercurial .