Я не уверен, правильно ли я понимаю, но
Я хотел бы предложить вам ваш новый сайт будет доступен под http://www.mysite.com/new
Поместите это в файл .htaccess:
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^\.php$ http://www.mysite.com/new/$1.php [R=301,L]
Это перенаправит весь трафик на новый сайт, если не eist на старом