Возможно, в вашей системе несколько проблем, но эта наиболее очевидна:
[warn] module passenger_module is already loaded, skipping
Это означает, что в ваших конфигурационных файлах есть две директивы LoadModule passenger_module ....Старый, вероятно, устарел и указывает на старую версию Phusion Passenger.Вы должны удалить это, или это вызовет конфликты.
Другой, вероятно, связан с разрешениями файловой системы.Пользователь, от имени которого работает Apache, должен иметь возможность проверить, существуют ли файлы 'config / environment.rb' и 'config.ru' в корневом каталоге вашего приложения, т. Е. Он должен иметь права на выполнение исполняемых файлов для необходимых каталогов и всех родительских каталогов.
Последняя возможная проблема заключается в том, что вы установили DocumentRoot в корень приложения, но вы должны установить его в публичный каталог.