Вы можете разбить свой CSS на несколько файлов, используя только то, что вам нужно для каждого html.Если вы не можете этого сделать, вы можете указать тело #id для вашего шаблона, загружаемого в fancybox.
<body id="fancy_content">
, а затем адаптировать ваши стили для этого шаблона
body#fancy_content h3 {
color: green;
}
Вы все равно можете столкнуться с небольшим стилевым конфликтом, если оставить его в одном файле, но это даст вам способ продолжить работу.