AFAIK WatiN для работы нужен сеанс пользователя (то есть рабочего стола). Таким образом, мое предположение:
- вы используете службу CruiseControl.Net как учетная запись обычного пользователя
- эта учетная запись (обычно) зарегистрирована на сервере, на котором размещен CruiseControl.Net
- тесты не выполняются, когда недоступен сеанс рабочего стола
Раньше этого было достаточно, чтобы установить флажок «Разрешить службе взаимодействовать с рабочим столом» («Свойства службы», вкладка «Вход в систему»), но я не уверен, что это все еще работает после Vista. Что будет работать (но безобразно и хакерски) - это запуск CruiseControl.Net с консоли, в сеансе рабочего стола, а не в качестве службы.