Таким образом, вам не нужно указывать пространство имен:
XmlDocument xmlDoc = new XmlDocument();
xmlDoc.LoadXml("your xml");
XmlNode node = xmlDoc.SelectSingleNode("/*[local-name() = 'anyType']");
XmlNode nodeToImport = xmlDoc2.ImportNode(node, true);
xmlDoc2.AppendChild(nodeToImport);