Он сохраняется не как строка, а как объект типа datetime.
Правая часть сравнения может быть одной из следующих:
литерал datetime, date или time с числовыми значениями или
строковое представление в следующих формах:
DATETIME (год, месяц, день, час, минута, секунда)
DATETIME ('ГГГГ-ММ-ДД ЧЧ: ММ: СС')
ДАТА (год, месяц, день)
ДАТА ( 'YYYY-MM-DD')
ВРЕМЯ (час, минута, секунда)
TIME ( 'HH: MM: SS')
http://code.google.com/appengine/docs/python/datastore/gqlreference.html
Так что в вашем примере используйте любой из них.
date = DATE('2012-03-12')
date = DATE(2012,03,12)
Для даты и времени по умолчанию установлено время 00:00, поэтому сравнение на равенство не удастся, поэтому вы должны использовать> для сравнения
SELECT * FROM Entry WHERE date > DATETIME(yyyy,mm,dd)