Короче говоря, нет простого способа, чтобы пустое хранилище автоматически узнало, что ветвь была переименована. Существует некоторая степень ручного вмешательства, необходимая, чтобы заставить его работать. Шаги, описанные в ссылке Райана Пендлтона, должны исправить это для вас.
Раньше я сам размещал свои собственные серверы Redmine и Git, но именно по таким причинам я перешел на использование GitHub в качестве хранилища исходного кода и FogBugz для управления делами.