Вещи в этой папке не генерируются во время сборки, они должны существовать и быть включены в сборку. Когда вы создаете новое решение / проект, эти файлы будут созданы. Если вы удалите их, вам придется заново создать их вручную или скопировать из отдельного проекта (и обновить их).
AppDesignerFolder просто сообщает Visual Studio, где он должен искать некоторые элементы пользовательского интерфейса, которые можно использовать для обновления там файлов (т.е. информации о версии в AssemblyInfo).