Как вы и сказали - вы должны определить класс ProjectConfiguration с регистрацией автозагрузки вручную, потому что ProjectConfiguration выполняется до него:
<?php
require_once dirname(__FILE__) . ''.DIRECTORY_SEPARATOR.'..'.DIRECTORY_SEPARATOR.'lib'.DIRECTORY_SEPARATOR.'vendor'.DIRECTORY_SEPARATOR.'symfony'.DIRECTORY_SEPARATOR.'autoload'.DIRECTORY_SEPARATOR.'sfCoreAutoload.class.php';
sfCoreAutoload::register();
class ProjectConfiguration extends sfProjectConfiguration {
У меня есть мои проекты с внутренним клонированием Symfony в пути поставщика, измените путь так, как вам нужно.