Разницы нет.
Subversion не знает, какую технологию вы используете, и с радостью объединит все текстовое содержимое.
Поскольку код является открытым текстом, а программирование на WinForms - это в основном код (ресурсы - это XML, здесь тоже нет проблем), Subversion будет работать для вас нормально.