Для меня исправление было простым (Ubuntu 12.04).Сначала я выполнил поиск, чтобы убедиться, что файл существует и где он находится:
locate Autoload.php
, который должен возвращать результаты, подобные следующим:
/usr/share/php/File/Iterator/Autoload.php
/usr/share/php/PHP/CodeCoverage/Autoload.php
/usr/share/php/PHP/Depend/Autoload.php
/usr/share/php/PHP/Invoker/Autoload.php
/usr/share/php/PHP/Timer/Autoload.php
/usr/share/php/PHP/Token/Stream/Autoload.php
/usr/share/php/PHPCPD/Autoload.php
/usr/share/php/PHPUnit/Autoload.php
/usr/share/php/PHPUnit/Framework/MockObject/Autoload.php
/usr/share/php/PHP_CodeBrowser/Autoload.php
/usr/share/php/Text/Template/Autoload.php
Затем я проверил мой include_path, которыйбыл правильно установлен в /etc/php5/apache2/php.ini, но все еще был закомментирован в /etc/php5/cli/php.ini (интерфейс командной строки).
Раскомментирование этой строки работало для меня:
include_path = ".:/usr/share/php:/usr/include/php5"
Довольно простой, я знаю, но это всегда мелочи при настройке новой машины; -)