Вызов include_directories в CMakeLists не приводит к списку всех доступных заголовочных файлов. Он просто передает эти каталоги непосредственно в компилятор как каталог поиска для вашей "#include <...>", например. посмотрите на документацию для опции "-I" в GCC 4.6.
Кроме того: я не уверен, почему вы хотите исключить один файл. Очень часто вы можете обойти проблемный заголовочный файл, создав собственный заголовочный файл в своем собственном проекте, который включает в себя все, кроме одного файла ...
Если вы действительно, действительно хотите что-то подобное, и вы настаиваете на том, чтобы решить это с помощью CMake, вы, вероятно, в итоге получите file-globing все заголовочные файлы, копирование (конечно, без этого одного файла) вручную добавьте их в новый каталог include, а затем включите этот новый каталог.