Добавление к «разнице»
Немедленное окно: имеет все функции командного окна, если оно начинается с ">".
Окно команд: не имеет других функций, поскольку не может начинаться ни с чего, кроме «>».
P.S. Visual Studio включает в себя и то, и другое, поскольку в режиме разработки вы можете использовать практически только командное окно, так как вам нужен активный режим отладки, чтобы использовать функциональные возможности непосредственного окна (которое в любое время может использовать командное окно).
Короче говоря, есть командное окно в режиме разработки и немедленное окно в режиме отладки.