Самый важный шаг - восстановить код из резервной копии.Атакующие могут создать любой бэкдор для будущего использования.
Ваши журналы http_access
могут, вероятно, указывать исходную точку вторжения.
Также проверьте права доступа к файлам, которые использует ваш веб-хост.Во многих случаях уязвимость заключается не в самой странице, а в хостинговой компании, не разделяющей пространство между различными клиентами (поэтому она могла распространиться от другого клиента на том же веб-хосте).