SQLite присутствует в iPhone SDK, но нет способа пометить файл, сохраненный вашим приложением, как видимый для файловой системы, когда вы подключаете ваш iPhone к компьютеру. Как уже заявил Крис Лонг, ответ Apple на эту критику - iCloud, который позволяет синхронизировать произвольное количество устройств без кабелей, но пока недоступен. Бета-версия iOS 5 доступна зарегистрированным разработчикам и общеизвестно, что она работает с iCloud, поэтому вы можете начать разработку прямо сейчас.
Более болезненные временные альтернативы - отправить базу данных по электронной почте (есть встроенный способ сделать электронную почту в приложении) или ожидать, что ваш пользователь перетянет вещь из iTunes.