Это не вопрос Python (тот факт, что вы используете Python совершенно случайно), но ответ таков: да, это хорошая идея, чтобы ваши конфиденциальные данные были в месте, где ваш веб-сервер не может , даже если он настроен неправильно, отправьте его злоумышленнику. Таким образом, вне какой-либо иерархии каталогов находятся ваши веб-документы и скрипты. Злоумышленник не остановит работу, если он рутирует ваш сервер, но многие эксплойты не требуют рута, и поэтому создают так много препятствий на пути хакера. по возможности считается хорошей практикой. (Это называется «глубокоэшелонированной защитой» по соображениям безопасности сети.)