Используйте юнит-тесты! и такие инструменты, как KDIFF, Beyond Compare (или все, что может дать вам различия в 2 разных папках).
Я держу свой ZF в своем собственном git-репо, чтобы я мог генерировать различия между версиями, чтобы увидеть, что изменилось, а затем использовать некоторую интуицию, чтобы быть в курсе того, что эти изменения могли повлиять. Вы можете посмотреть репозиторий SVN в Zend и добиться того же эффекта.
Также - прочитайте журнал изменений - наиболее очевидные вещи будут там и должны помочь точно определить, что определенно сломает ваше приложение или изменит его поведение.
Короче говоря, как можно было бы проверить, не повлияли ли какие-либо изменения, не связанные с Zend, на ваш сайт? Примените те же действия при обновлении Zend.