У нас была похожая проблема из-за странного состояния, вызванного admin_menu 1.6, очисткой кеша с помощью drush и последующей загрузкой страницы.
Если вы используете admin_menu 1.6 (и, возможно, старше),Я бы порекомендовал отключить его, чтобы увидеть, если это решит проблему.Версия 1.6 admin_menu пытается перестроить меню в hook_footer, но делает это без использования функций блокировки D6.Так что, если у вас большое меню, а перестройка занимает некоторое время, то каждое нажатие от пользователя-администратора будет запускать новую регенерацию меню, совпадающую с предыдущей, вызывая множество ошибок.
Просто заметьте, когда выочистить кеш через интерфейс Drupal, эта проблема не возникает.Это только когда вы очищаете кеш с помощью drush, что, как я полагаю, произойдет при обновлении базы данных.
Если отключение исправит проблему, вам следует подумать об обновлении до версии 3.x admin_menu.
Что касается попытки изменить время ожидания, это не будет иметь никакого эффекта.Тайм-аут воздействует только на того, кто ожидает завершения перестройки, но он не запустит новую перестройку через эти 30 секунд в любом случае, он просто позволит этому человеку продолжить, хотя большая часть меню в настоящее время перестраивается.