Содержимое репозитория зависит от того, как вы импортировали проекты в репозиторий. Вы можете увидеть, какие файлы содержит репозиторий, открыв Организатор. Выберите корневую папку для своего репозитория BeanStalk из списка репозиториев, и Организатор покажет файлы и папки, которые находятся в репозитории.
Чтобы ответить на ваш второй вопрос, исходные файлы на вашем жестком диске, скорее всего, являются рабочей копией, которую вы извлекли с сервера BeanStalk.