Вы можете использовать условное форматирование, но вам придется форматировать каждый из двух столбцов отдельно.
Скажем, ваши данные в формате A2: B100 (для простоты)
Select the cells in columnA (A2:A100)
Select conditional Formatting >> New Rule >> Use a formula...
Enter the formula "=A3<>B3", choose a format and click OK
Повторите для столбца B.