У меня нет определенного ответа, но я считаю, что это просто невозможно.Исключения бывают первыми, первыми, всегда.Так что, если у .jar есть метод, который ближе к исключению и обрабатывает его, у вас нет способа вмешаться.
Вы можете попытаться уменьшить симптомы, некоторые языки, такие как C, позволят вам перенаправить поток stderr куда-нибудь еще, избегая печати stackTrace, и, если исключение будет переброшено, вы можете потенциально перехватить его в своем коде.