Я предполагаю, что вы перечитываете файл, но вы определенно видите то же самое содержимое, даже если вы его изменили?
На данный момент я распечатывал бы содержимое каждый раз, когда вы опрашиваете файл, так чтоВы можете видеть, что a) файл опрашивается, и b) содержимое не изменяется.
Другая возможность состоит в том, что при создании приложения файл конфигурации может оказаться в нескольких местах,например, в более чем одном JAR или также в вашей файловой системе.В зависимости от вашего пути к классу может случиться так, что файл, который вы изменяете, не тот, который вы читаете.т.е. каталог является первым в пути к классам.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Можете ли вы зарегистрировать URL, getClass().getResource(fileName)
, поскольку это покажет, откуда файл загружается?