перевести мою последовательность?

Question

Мне нужно написать скрипт для перевода этой последовательности:

dict = {"TTT":"F|Phe","TTC":"F|Phe","TTA":"L|Leu","TTG":"L|Leu","TCT":"S|Ser","TCC":"S|Ser",
              "TCA":"S|Ser","TCG":"S|Ser", "TAT":"Y|Tyr","TAC":"Y|Tyr","TAA":"*|Stp","TAG":"*|Stp",
              "TGT":"C|Cys","TGC":"C|Cys","TGA":"*|Stp","TGG":"W|Trp", "CTT":"L|Leu","CTC":"L|Leu",
              "CTA":"L|Leu","CTG":"L|Leu","CCT":"P|Pro","CCC":"P|Pro","CCA":"P|Pro","CCG":"P|Pro",
              "CAT":"H|His","CAC":"H|His","CAA":"Q|Gln","CAG":"Q|Gln","CGT":"R|Arg","CGC":"R|Arg",
              "CGA":"R|Arg","CGG":"R|Arg", "ATT":"I|Ile","ATC":"I|Ile","ATA":"I|Ile","ATG":"M|Met",
              "ACT":"T|Thr","ACC":"T|Thr","ACA":"T|Thr","ACG":"T|Thr", "AAT":"N|Asn","AAC":"N|Asn",
              "AAA":"K|Lys","AAG":"K|Lys","AGT":"S|Ser","AGC":"S|Ser","AGA":"R|Arg","AGG":"R|Arg",
              "GTT":"V|Val","GTC":"V|Val","GTA":"V|Val","GTG":"V|Val","GCT":"A|Ala","GCC":"A|Ala",
              "GCA":"A|Ala","GCG":"A|Ala", "GAT":"D|Asp","GAC":"D|Asp","GAA":"E|Glu",
              "GAG":"E|Glu","GGT":"G|Gly","GGC":"G|Gly","GGA":"G|Gly","GGG":"G|Gly"}

seq = "TTTCAATACTAGCATGACCAAAGTGGGAACCCCCTTACGTAGCATGACCCATATATATATATATA"
a=""

for y in range( 0, len ( seq)):
    c=(seq[y:y+3])
    #print(c)
    for  k, v in dict.items():
        if seq[y:y+3] == k:
            alle_amino = v[::3] #alle aminozuren op rijtje, a1.1 -a2.1- a.3.1-a1.2 enzo
            print (v)

С помощью этого сценария я получаю аминокислоты из 3-х кадров друг под другом, но как я могу отсортировать их и получить все аминокислоты из кадра 1 рядом друг с другом, а также все аминокислоты из кадра 2 рядом с каждым другие, и то же самое для кадра 3?

например, мои результаты должны быть:

+3 SerIleLeuAlaStpProLysTrpGluProProTyrValAlaStpProIleTyrIleTyrTle

+2 PheAsnThrSerMetThrLysValGlyThrProLeuArgSerMetThrHisIleTyrIleTyr

+1 PheGlnTyrStpHisAspGlnSerGlyAsnProLeuThrStpHisAspProTyrIleTyrIle

TTTCAATACTAGCATGACCAAAGTGGGAACCCCCTTACGTAGCATGACCCATATATATATATATA

Я использую Python 3.

У меня был еще один вопрос: могу ли я сделать этот результат путем некоторых изменений в моем собственном сценарии?

Answer 1

Вы можете использовать (заметьте, что это было бы намного проще, если использовать метод перевода биопиона):

dictio = {your dictionary here}

def translate(seq):
    x = 0
    aaseq = []
    while True:
        try:
            aaseq.append(dicti[seq[x:x+3]])
            x += 3
        except (IndexError, KeyError):
            break
    return aaseq

seq = "TTTCAATACTAGCATGACCAAAGTGGGAACCCCCTTACGTAGCATGACCCATATATATATATATA"

for frame in range(3):
    print('+%i' %(frame+1), ''.join(item.split('|')[1] for item in translate(seq[frame:])))

Примечание. Я изменил название вашего словаря с помощью dicti (не перезаписывать dict).

---

Некоторые комментарии, которые помогут вам понять:

translate берет вашу последовательность и возвращает ее в виде списка, в котором каждый элемент соответствует аминокислотному переводутриплет, кодирующий эту позицию.Например:

aaseq = ["L|Leu","L|Leu","P|Pro", ....]

вы можете обработать больше этих данных (получить код из одной или трех букв) внутри translate или вернуть их так, как они будут обрабатываться последними, как я это сделал.

translate вызывается в

''.join(item.split('|')[1] for item in translate(seq[frame:]))

для каждого кадра.Если значение кадра равно 0, 1 или 2, он отправляет seq [frame:] в качестве параметра для перевода.То есть вы отправляете последовательности, соответствующие трем различным рамкам чтения, обрабатывая их последовательно.Затем в

   ''.join(item.split('|')[1]

я разделяю одно- и трехбуквенные коды для каждой аминокислоты и беру один с индексом 1 (второй).Затем они объединяются в одну строку

Answer 2

Вот мое решение. Я назвал вашу «dict» переменную «аминос». Функция method3 возвращает список значений справа от «|». Чтобы объединить их в одну строку, просто присоедините их к «».

Судя по вашему коду, я полагаю, что ваши слова содержат все возможные трехбуквенные комбинации. Поэтому я удалил проверки, которые подтверждают это. В результате он должен работать намного быстрее.

def overlapping_groups(seq, group_len=3):
    """Returns `N` adjacent items from an iterable in a sliding window style
    """
    for i in range(len(seq)-group_len):
        yield seq[i:i+group_len]

def method3(seq, aminos):
    return [aminos[k][2:] for k in overlapping_groups(seq, 3)]

for i in range(3):
    print("%d: %s" % (i, "".join(method3(seq[i:], aminos))))

Answer 3

Не слишком красиво, но делает то, что вы хотите

dct = {"TTT":"F|Phe","TTC":"F|Phe","TTA":"L|Leu","TTG":"L|Leu","TCT":"S|Ser","TCC":"S|Ser", 
"TCA":"S|Ser","TCG":"S|Ser", "TAT":"Y|Tyr","TAC":"Y|Tyr","TAA":"*|Stp","TAG":"*|Stp", 
"TGT":"C|Cys","TGC":"C|Cys","TGA":"*|Stp","TGG":"W|Trp", "CTT":"L|Leu","CTC":"L|Leu", 
"CTA":"L|Leu","CTG":"L|Leu","CCT":"P|Pro","CCC":"P|Pro","CCA":"P|Pro","CCG":"P|Pro", 
"CAT":"H|His","CAC":"H|His","CAA":"Q|Gln","CAG":"Q|Gln","CGT":"R|Arg","CGC":"R|Arg", 
"CGA":"R|Arg","CGG":"R|Arg", "ATT":"I|Ile","ATC":"I|Ile","ATA":"I|Ile","ATG":"M|Met", 
"ACT":"T|Thr","ACC":"T|Thr","ACA":"T|Thr","ACG":"T|Thr", "AAT":"N|Asn","AAC":"N|Asn", 
"AAA":"K|Lys","AAG":"K|Lys","AGT":"S|Ser","AGC":"S|Ser","AGA":"R|Arg","AGG":"R|Arg", 
"GTT":"V|Val","GTC":"V|Val","GTA":"V|Val","GTG":"V|Val","GCT":"A|Ala","GCC":"A|Ala", 
"GCA":"A|Ala","GCG":"A|Ala", "GAT":"D|Asp","GAC":"D|Asp","GAA":"E|Glu", 
"GAG":"E|Glu","GGT":"G|Gly","GGC":"G|Gly","GGA":"G|Gly","GGG":"G|Gly"}


seq = "TTTCAATACTAGCATGACCAAAGTGGGAACCCCCTTACGTAGCATGACCCATATATATATATATA"

def get_amino_list(s):
    for y in range(3):
        yield [s[x:x+3] for x in range(y, len(s) - 2, 3)]

for n, amn in enumerate(get_amino_list(seq), 1):
    print ("+%d " % n + "".join(dct[x][2:] for x in amn))

print(seq)