Предполагается, что XSD представляет модель, с которой вы хотите работать в своем коде - возможно, с XmlSerializer или как DataTable.Если вы не хотите этого, вытрите настройку «Custom Tool» для xsd-файла.
.designer.cs обычно является сгенерированным файлом;обычно другой .cs предназначен для частичных добавлений классов, но проверьте перед редактированием / удалением.