Вы могли бы, вероятно, сделать что-то ручное, используя класс org.hibernate.tool.hbm2ddl.SchemaExport, когда ваше приложение запускается.
SchemaExport schemaExport1 = new SchemaExport(cfg1); // there are various c-tors available
schemaExport1.setInputFile("/import-1.sql");
schemaExport1.create(false, true);
SchemaExport schemaExport2 = new SchemaExport(cfg2);
schemaExport2.setInputFile("/import-2.sql");
schemaExport2.create(false, true);