Для IDE я использую FlashDevelop , каждый раз, когда я перемещаю класс в другую папку, он автоматически переименовывает пакет внутри файла, поэтому, я думаю, вы можете это сделать, создать проект flashdevelop as3, перетащить папкис источниками и переместите классы, которые вам нужно переименовать.