Изменение последней строки на это должно работать:
RewriteRule ^([a-z0-9\-_]+)/?$ project.php?id=$1 [NC,QSA,L]
если вы хотите, чтобы правило регулярных выражений не перехватывало URL-адреса, содержащие буквенные символы, используйте
RewriteRule ^([0-9\-_]+)/?$ project.php?id=$1 [NC,QSA,L]
И для вашего нового требования:
RewriteRule ^([0-9\-_]+)/?$ project.php?id=$1 [NC,QSA,L]
RewriteRule ^([a-z\-_]+)/?$ new.php?id=$1 [NC,QSA,L]