Возможно ли объединить ваши Makefile? Тогда нет никакой возможности потерять ваши различные конфигурации, не сохранив их в системе контроля версий.
Например, вы можете добавить условный оператор на основе имени пользователя. Мое имя пользователя Райан, и этот код повторяет мое имя, но если он запускается на вашем компьютере, он, вероятно, будет отображать "не Райан".
all:
if [ `whoami` = "ryan" ]; then echo "ryan"; else echo "not ryan"; fi