Вы можете проверить, какой файл php.ini запускает ваша командная строка:
$ php -i | grep 'Configuration File'
Так что вы можете либо изменить этот файл, чтобы загрузить Zend Optimizer.(найдите флаг zend_extension в файле php.ini, который используется вашим веб-сервером)
Или вы можете принудительно указать, какой файл php.ini использовать с флагом -c
$ php -c /path/to/web-server/php.ini myscript.php