Вы можете преобразовать оба в объекты timedelta и вычесть их друг из друга, что позаботится о переносах. Например:
>>> import datetime as dt
>>> t1 = dt.time(23, 5, 5, 5)
>>> t2 = dt.time(10, 5, 5, 5)
>>> dt1 = dt.timedelta(hours=t1.hour, minutes=t1.minute, seconds=t1.second, microseconds=t1.microsecond)
>>> dt2 = dt.timedelta(hours=t2.hour, minutes=t2.minute, seconds=t2.second, microseconds=t2.microsecond)
>>> print(dt1-dt2)
13:00:00
>>> print(dt2-dt1)
-1 day, 11:00:00
>>> print(abs(dt2-dt1))
13:00:00
Отрицательные объекты timedelta в Python получают отрицательное поле дня, а остальные поля - положительные. Вы можете проверить заранее: сравнение работает как с объектами времени, так и с объектами timedelta:
>>> dt2 < dt1
True
>>> t2 < t1
True