Если вы не использовали технологию OneClick для вашего установщика, Visual Studio не поддерживает Установка "Обновлений".
Сначала вам потребуется повторно отправить всю программу установки, сначала попросить пользователя удалить старую (вы можете принудительно выполнить это в проекте установки)
Если вы установите новое обновленное приложение без принудительного удаления и без установки, оно перезапишет все файлы, которые есть в новом обновленном приложении.