Это возможно, но вам придется использовать Windows API для получения указателя на это окно (при условии, что вы знаете, какое окно вы ищете, и оно является частью другого приложения).
С другой стороны, зачем вам "эмулировать щелчок мышью в другом окне"?
Надеюсь, это поможет.