В случае запросов мы конвертируем все в аналогичный случай, а затем проводим сравнение.
select * from account where upper(email) = upper('test@gmail.com');
В вашем случае вы можете попробовать.
objectifyService.query(AppUser.class).filter("upper(email)", email.toUpperCase()).get();
Я не уверен, что это сработает с Objectify, вы можете попробовать.